Το ΕΛ.ΙΝ.Υ.Α.Ε. ανταποκρινόμενο στην διεπιστημονική φύση τού αντικειμένου του, διατηρεί στην Αθήνα Κεντρική Δομή , Παράρτημα στην Θεσσαλονίκη και στα Ιωάννινα.
Η οργανωτική δομή του αποτελείται από τους Τομείς:
• Εκπαίδευσης και Κατάρτισης
• Έρευνας και Ανάπτυξης
• Αναλύσεων και Προσδιορισμών
• Υποστηρικτικών Υπηρεσιών
• Παρατηρητήριο για την Υγεία και την Ασφάλεια στην Εργασία
Στελεχώνεται από εξειδικευμένο και έμπειρο προσωπικό με γνώσεις σε διάφορα αντικείμενα που σχετίζονται με την επαγγελματική υγεία και ασφάλεια.
Η σύγχρονη υλικοτεχνική υποδομή που διαθέτει υποστηρίζει αποτελεσματικά το επιστημονικό, ερευνητικό και εκπαιδευτικό του έργο, εξασφαλίζοντας την υψηλή ποιότητα και την αξιοπιστία των υπηρεσιών του.