Το ΕΛ.ΙΝ.Υ.Α.Ε., ανταποκρινόμενο διεπιστημονική φύση του αντικειμένου του, διατηρεί στην Αθήνα την κεντρική του δομή, Παραρτήματα στην Θεσσαλονίκη και τα Ιωάννινα και στελεχώνεται από εξειδικευμένο και έμπειρο προσωπικό με γνώσεις σε ποικίλους τομείς. 

Η σύγχρονη υλικοτεχνική υποδομή που διαθέτει υποστηρίζει αποτελεσματικά το επιστημονικό, ερευνητικό και εκπαιδευτικό του έργο, εξασφαλίζοντας την υψηλή ποιότητα και αξιοπιστία των υπηρεσιών του.

Η κεντρική δομή περιλαμβάνει:
•    Τομέα Εκπαίδευσης και Κατάρτισης
•    Τομέα Έρευνας και Ανάπτυξης
•    Τομέα Αναλύσεων και Προσδιορισμών
•    Τομέα Υποστηρικτικών Υπηρεσιών
•    Παρατηρητήριο για την Υγεία και την Ασφάλεια στην Εργασία